O SINASEFE é um sindicato nacional que tem na autonomia financeira uma das principais características, o que torna seus/suas sindicalizados(as) os(as) únicos(as) responsáveis pela existência e manutenção da entidade. Os(as) sindicalizados(as) organizam-se através das Seções Sindicais, que repassam à Direção Nacional do SINASEFE 15% do que é arrecadado.
A atual gestão do SINASEFE - Seção IFBA foi eleita em junho de 2019 com algumas metas prioritárias, como recadastramento dos(as) sindicalizados(as), convênios jurídicos, ações para descentralizar o sindicato, congresso estadual, maior integração capital e interior, campanha estadual contra o assédio moral, garantia de afastamento para qualificação, entre outros.
A Seção IFBA do SINASEFE foi a primeira representação da categoria dos Profissionais de Educação Básica Federal. Depois surgiram as bases do SINASEFE em outros estados, inclusive a Nacional, em Brasília (DF).
Na década de 80, os(as) servidores(as) da antiga Escola Técnica Federal da Bahia – hoje IFBA - se organizaram e criaram uma associação para representar a categoria e unificar as lutas pelas melhorias. A associação inicialmente construiu com recursos próprios um anexo dentro das dependências da Escola Técnica para o funcionamento de suas atividades administrativas..
Com a Constituição de 1988, os(as) servidores(as) públicos(as) passaram a ter direito a sindicalizar-se e, em 1989, houve a primeira tentativa de fundar a Seção Sindical Salvador – Bahia, que só vingou no dia 18 de julho de 1990 numa assembleia que reuniu 63 filiados(as), quando foi fundado o Sindicato Nacional dos Servidores da Educação Federal (SINASEFE). Nesta assembleia foi aprovada a fixação da contribuição sindical, cujo valor é 1% do salário base do(a) sindicalizado(a). Após 20 dias, uma segunda assembleia foi realizada para escolher os(as) dirigentes da diretoria provisória e os(as) delegados(as) que participaram do I Congresso do SINASEFE, no Rio Grande do Norte..
No ano de 2005, as motivações políticas levaram o SINASEFE a se retirar das dependências da instituição, o que levou o sindicato a ocupar locais alugados para desenvolver suas atividades. Sem espaço próprio, o SINASEFE mudou de endereço duas vezes, mas sempre próximo às imediações do Instituto Federal. Em 2007, na gestão de 2006 a 2008, o sindicato passou a representar os(as) servidores(as) do Colégio Militar..
Foi em janeiro de 2010 - na gestão de 2008 a 2010 - que o SINASEFE adquiriu um imóvel para a construção da própria sede, no valor de R$ 125 mil. A nova sede foi inaugurada no dia 27 de outubro de 2010, representando a tão esperada conquista que a categoria aguardava com ansiedade. Neste mesmo ano, os IF BAIANOS (antigas escolas agrotécnicas) também passam a ser representados pelo sindicato..